Иоганнес Шлефли (нем. Johannes Schlaefli; род. 23 сентября 1957 (1957-09-23)) — швейцарский дирижёр и музыкальный педагог.
Окончил Базельскую академию музыки (1981) как гобоист. Дирижирование изучал преимущественно частным образом, среди оказавших на него влияние дирижёров называет Эриха Шмида, Марио Венцаго, Бернарда Хайтинка.
В 1984 году возглавил Базельский камерный оркестр и, одновременно, оркестр Цюрихской высшей школы музыки. В 1995—2012 гг. главный дирижёр Бернского камерного оркестра. С 2013 г. возглавляет Курпфальцский камерный оркестр в Мангейме. Как приглашённый дирижёр работал с оркестрами США, Бразилии, Чехии, Германии, Гонконга.
С 1999 г. профессор оркестрового дирижирования в Цюрихской высшей школе музыки, как приглашённый преподаватель работал в Венской консерватории, Берлинской высшей школе музыки имени Эйслера, Академии имени Сибелиуса и др. Среди его учеников, в частности, Патрик Ланге, Филипп Бах, Мирга Гражините-Тила, Керем Хасан.